Rota tiene sus raíces en la antigua civilización tartésica, y posteriormente se asocia con la ciudad fenicia de Astaroth o Fuerte de Frontera. Durante el dominio romano, es probable que existiera un taller de alfarería para la producción de ánforas utilizadas en el transporte de productos salados de Cádiz.
Después de ser conquistada por los cristianos en 1264, Rota fue entregada por Sancho IV a Alonso Pérez de Guzmán, conocido como «el Bueno», alcaide de Tarifa, en reconocimiento a sus destacadas hazañas militares. Más tarde, pasó a formar parte de la Casa de Arcos. Sin embargo, esta dependencia desapareció en la primera mitad del siglo XIX, con la disolución del sistema señorial en España.
En el año 1702, Rota fue saqueada por un ejército anglo-holandés, lo cual resultó en la destrucción de varios de sus monumentos. Luego, en 1811, sufrió otro saqueo por parte de las tropas francesas. Desde 1953, en sus alrededores se encuentra una Base Aeronaval utilizada conjuntamente por Estados Unidos y España, lo cual ha contribuido significativamente a otorgarle a esta ciudad un ambiente cosmopolita.
